藏区湖泊多数无污染，不存在含磷有机物超标。所以首先不会如我国东部和西南一些湖泊，直接因水华而发绿。
之后，正常的水本来就是透明偏蓝的，这一点你可以观察大海得出结论——深海区尤其蓝。这实际与光的反射有关。
藏区湖泊多构造湖，因冰川侵蚀或者陷落构造而成，数十米上百米深的湖是家常便饭，而我国其它地区的湖，几米到十几米深才是常态，太阳光基本完全反射，看起来就很浅
青藏高原由于海拔很高，常年气温较低，蒸发较弱。青藏高原的90年代的蒸发量是1817mm，也就是年均蒸发量大概是181.7mm左右，地区内大部分地区平均水分盈亏量是小于200mm的，也就是地区大部分地区能够每年获得超过200mm的有效降水。
我们取一个区域作为参考，湖北是千湖之省，洪湖作为长江中下游代表性的大湖，这一地区年降水量在1174mm/年蒸发量1354mm（刘敏，2013）也就是说青藏高原的水分盈亏量状况是近似甚至略优于长江中下游多湖泊平原地区的盈亏度。
而湖盆的形成主要归因于冰川作用，历史时期的大量冰川活动，通过磨蚀、刨蚀等冰川作用，造就了大量的冰蚀湖盆。
由于冰川顺地势自高相低活动，形成的洼地和湖盆地势较低，便于汇集来自河流、冰雪融水、泉水的水源，形成了大量的湖泊。
湖泊不光要能汇水，还要能持水才能一直存在；青藏高原多坚硬的岩层和冻土，不透水，保证了湖泊的持水能力。
还有重要的一点自形成始，不断接受物质填充，总有一天会被填充满而消亡，很多古湖泊最后变成了沼泽，最后变为被埋藏的泥炭层和湖相沉积层。湖泊演化的过程中，会受到很多因素的影响，包括气候、河流搬运物资、营养状况、水位变化、地区变化等因素的影响。
青藏高原的河流多为河流上游部分和一些短小河流。河流带来的填充物质比较少。人为作用对湖泊消亡加速使作用显著，由于人口稀少，人类活动中排入河流的营养物质较少，湖泊发生富营养情况很少，不会出现大量湖泊富营养化，然后大量水生植物生长累计——植物残体泥炭化+湖泊填充变浅而最后消亡的情况。
气候正如一位老师所言，青藏高原目前处于气候暖期，水汽来源比较丰富。大部分湖泊是处于扩张期的。
咸水湖首先必须是内流湖，即只有径流汇入、没有径流流出的湖泊，也就是说该湖泊成为了径流的终点。这样，该湖泊水分的支出就主要靠蒸发了，而在水分蒸发的过程中，盐分留在了湖中。日积月累，湖水将越来越咸。达到一定标准的就是咸水湖了。
再说一下盐分是哪里来的，大自然中没有真正的纯净水，水中多少都含有一些盐分，这样在径流汇入湖泊时，盐分就被带入湖中，在接下来的过程中，盐分不断积少成多，使湖泊变咸。
还有，高原地区气温低，水循环不活跃，蒸发量大于补给量（包括径流汇入、降水等），经加快咸水湖的形成过程。
如果在此过程中，人类大量截流汇入湖泊的淡水，将加剧上述过程，使湖泊盐度极大，同时湖面缩小。
